Ordonné en 1992 dans l’Église évangélique luthérienne de France, il est chargé de cours à la Faculté libre de théologie évangélique de Vaux-sur-Seine (luthéranisme) et président fondateur de l’Association œcuménique et franco-allemande Paris-Wittenberg et de l’Institut culturel Martin Luther. Engagé dans les dialogues œcuménismes et inter-religieux, le pasteur Joly est l’auteur de plusieurs livres dont Prier quinze jours avec Jean-Sébastien Bach (Nouvelle Cité, troisième édition 2017).